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本院位於南投縣埔里鎮蜈蚣里榮光路一號，地處台灣正中心─埔里盆地，距「台灣地理中心碑」約一公里處，在往霧社風景區的路線上，往「日月潭風景區」只需二十分鐘車程，四面環山，環境優美，無工廠污染，氣候清新宜人。
埔里地處內陸，位於台灣之中心點上，同時擁有海島及大陸型氣候之特質。當年因地處內陸，交通不便，故開發較晚，但就因為此一原故，埔里遭受現代物質文明之污染較少，加上民風純樸，山明水秀，氣候適中，景緻宜人，可說是一個休養生息，頤養天年的好地方，故政府早年來台時，即在埔里設立國軍官兵療養單位，照顧罹患慢性病的現役軍人。後國軍官兵因年齡因素、身體因素、或單位裁編精簡，陸續離開軍中，退役成為榮民，政府特成立「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會」（後「就業」二字刪除，以下簡稱「輔導會」），首任主任委員即為故總統蔣經國先生。輔導會主要任務為輔導及照顧榮民就學、就業、就醫。埔里榮民醫院即在「就醫」政策下，於1957年接收陸軍第二療養大隊現址，開始興建房舍。
 1958年夏天，院舍工程落成，同年7月1日正式成立，定名為「台灣埔里榮民醫院」。1960年6月在埔里鎮市區開設民眾診所。1969年7月開設黎山分院。1963年3月20日本院名稱奉命刪除「台灣」二字，並加冠全銜為「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會埔里榮民醫院」。1966年奉命刪除「就業」二字，改為「行政院國軍退除役官兵輔導委員會埔里榮民醫院」。1985年9月1日，本院梨山分院奉命改隸榮民總醫院台中分院（即台中榮民總醫院前身），並更名為榮民總醫院台中分院梨山醫療中心。
本院成立之初，原奉核定為肺結核治療醫院，接收陸軍第二療養大隊撥交肺結核病患。其後陸續新收，依肺結核治療常規，逐步展開作業。初設500張床位，至1963年奉命擴大收容增建病房，收容量增為1000張床位，至1972年因原有木造小房安全堪慮，故奉命停止使用，乃減收容量為666張床位。迨1978年肺結核病患奉命轉至灣橋結核病專科醫院，本院始成為一般綜合醫院。至1980年核定為700張床位，1981年特別設立癱瘓病房，以加強癱瘓榮民之照顧。1982年7月起調整為760張床位，其中六十床為支援民眾診所之專設床位。迨至1995年7月18日奉衛生署核定，為一般病床180張床，急性精神病床20張床，慢性病床600張床，合計800張床位。
本院設施於初創時接受前陸軍第二療養大隊之木造小病房八棟及辦公廳、中山堂、廚房等附屬房舍，另由輔導會招標興建磚牆病房四棟及辦公廳、門診部、手術室、庫房、員工宿舍等附屬建築。1963年奉命擴大收容量興建大型病房三棟，爾後陸續興建物品庫、鍋爐房、護士宿舍、將官病房。1982年興建完成綜合禮堂，1983年建二層樓病房一棟，1986年再建二層樓病房二棟及現代化榮民醫院及醫師宿舍各一棟，另興建榮光頤園一處，供作榮患休憩之所。至此本院建築已頗具規模，迨1990年本院奉核定列入六年國建計劃「建立全國醫療網第二期計劃」內，得以全面整建成為一座美輪美奐現代化醫院。
 本院四大中心目標，為：一、室外公園化，室外藝術化；二、管理人性化，護理家庭化；三、作業科學化，醫療學術化；四、醫院社區化。更期望將醫院提昇為地區教學醫院，為貫徹預期目標，全體職員工均戮力以赴，全力達成。埔里榮民醫院蓋在埔里，永遠是埔里地區的財產，移不走、挪不開，其醫療水準日益提昇，是埔里地區民眾的福氣，希望大埔里地區民眾能共同支持，鼓勵與指教，使埔里榮民醫院及大埔里地區明天會更好
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1999年7月17日蕭基源院長到任。蕭院長學經歷完整，曾任國軍桃園總醫院院長且獲德國漢堡大學醫學博士學位，其到任後厲行改革，業績顯著提升，員工士氣大振，惟不幸1999年發生九二一大地震，院區嚴重受創，在九二一地震期間全賴蕭院長指揮得宜，當日大樓內的五百名人員均平安撤離危樓，無一受傷，同時拯救病患及復建工作，均有條不紊展開。醫院在短期內恢復原有運作，並於市區門診恢復看診作業。在蕭院長領導下醫療服務量及醫療水準均大幅提升，如今埔里榮民醫院已另有一番新氣象。
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