 本院位於南投縣埔里鎮蜈蚣里榮光路一號，地處台灣中心埔里盆地，距「台灣地理中心碑」約一公里處，在往霧社風景區的路線上，往「日月潭風景區」只需二十分鐘車程。埔里地處內陸，位於台灣之中心點上，四面環山，環境優美，同時擁有海島型及大陸型氣候之特質，氣候清新宜人。
當年因地處內陸，交通不便，故開發較晚， 但就因為此一原故，埔里遭受現代物質文明之污染較少，加上民風純樸，山明水秀，氣候適中，景緻宜人，可說是一個休養生息與頤養天年的好地方，故政府早年來台時，即在埔里設立國軍官兵療養單位，照顧罹患慢性病的現役軍人。
隨歲月遷移，這批國軍官兵因年齡及身體等因素，陸續退役，成為「榮譽國民」，政府特成立「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會」（後「就業」二字刪除，以下簡稱「輔導會」），首任主任委員為故總統蔣經國先生。
 輔導會主要任務為輔導及照顧榮民就學、就業、就醫。埔里榮民醫院即在「就醫」政策下，於1957年接收陸軍第二療養大隊現址，開始興建房舍。1958年夏天，院舍工程落成，同年7月1日正式成立，定名為「台灣埔里榮民醫院」。1960年6月在埔里鎮市區開設民眾診所。1963年3月20日本院名稱奉命刪除「台灣」二字，並加冠全銜為「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會埔里榮民醫院」。1966年奉命刪除「就業」二字，改為「行政院國軍退除役官兵輔導委員會埔里榮民醫院」。1969年7月於台中市開設黎山分院。1985年9月1日，本院梨山分院奉命改隸榮民總醫院台中分院（即台中榮民總醫院前身），並更名為榮民總醫院台中分院梨山醫療中心。
 本院成立初期為肺結核治療醫院，500張床位，收治陸軍第二療養大隊轉院的肺結核病患。1963年增建病房，床位增為1000張，1972年原有木造房舍安全堪慮，停止使用，床位減為666張。1978年肺結核病患轉至灣橋結核病專科醫院，本院開始成為一般綜合醫院。1980年約有床位700張，1981年特別設立癱瘓病房，加強癱瘓榮民之照顧。1982年7月起調整為760張床位，其中六十床為支援民眾診所之專設床位。1995年7月18日奉衛生署核定一般病床180張，急性精神病床20張，慢性病床600張，合計床位800張。
 初期的設施大部份是承接前陸軍第二療養大隊之木造小病房(八棟) 、辦公廳、中山堂、廚房等附屬房舍，另由輔導會興建磚牆病房四棟、辦公廳、門診部、手術室、庫房、員工宿舍等。1963年興建大型病房三棟，物品庫、鍋爐房、護士宿舍、將官病房等。1982年完成綜合禮堂，1983年新建二層樓病房一棟，1986年增建二層樓病房二棟及現代化榮民醫院及醫師宿舍各一棟，另興建榮光頤園一處，供作榮患休憩之所。1990年本院納入六年國建計劃「建立全國醫療網第二期計劃」內，得以全面整建成為一座美輪美奐現代化醫院。這時期本院的四大中心目標為：一、室外公園化，室外藝術化；二、管理人性化，護理家庭化；三、作業科學化，醫療學術化；四、醫院社區化。全力提昇本院成為地區教學醫院，提供大埔里地區鄉親及榮民(眷)優質的醫療服務。
 1999年7月17日蕭基源院長就任第六屆院長，曾留學德國漢堡大學，榮獲醫學博士。曾任國軍桃園總醫院院長。到任後厲行改革，業績提升，士氣大振。不幸於1999年發生台灣百年來九二一大地震，院區嚴重受創，所幸蕭院長指揮得宜，當日大樓內的五百名工作人員均平安撤離危樓，醫護人員奮不顧身拯救數百名病患，並展開重建復原工作，醫院在短期內恢復運作，市區門診也恢復看診作業。2001年醫療大樓改建完成，並新增各項醫療儀器及優秀的醫護人員，使本院進入浴火重生後的嶄新時代。任內曾經歷SARS感染期、敏督利七二水災、靈巖山寺倒塌等重大災難，但在蕭院長有條不紊的指揮下，迅速恢復正常。任內績效包括：新建圖書館、二樓聯絡走廊、設立急慢性精神科病房及日間精神科照護病房、慢性呼吸照護病房等。在蕭院長的卓越領導下，本院績效蒸蒸日上，醫療品質日益精進，為大埔里地區榮民與民眾健康做出卓越貢獻。
 2005年7月何霖院長就任第七屆院長，曾任臺中榮總病理部主任。為因應輔導會垂直整合政策，任內積極提升醫療品質、成為社區優質的醫療院所。95年績效包括: 通過新制醫院評鑑及教學醫院評鑑；營養室通過 「危害分析與重要管制點系統」(HACCP)認證；檢驗科通過TAF與 ISO:15189實驗室認證；榮獲第七屆法制再造工作圈入選獎；榮獲行政院研考會優質英語環境獎健康資訊網站；獲選優良健康資訊網站。96年績效包括：加入中區健保局醫院總額點值穩定方案；引進多項嶄新的高科技醫療設備如：體外震波碎石機、核磁共振造影機、電腦斷層掃描儀等。陸續成立醫學美容中心、中醫部、自費護理之家等，使本院進入『全新埔榮、全新出發』的時代。為配合輔導會垂直整合政策，參加中榮、彰化榮家、彰化自費安養中心的計畫；獲輔導會工作績效考評第一名；配合衛生署擴大推動全國減害計劃，開辦「美沙冬替代療法門診」；開立「戒煙門診」；參加臺中榮總舉辦「榮民醫院體系醫品圈競賽」獲第一名；舉辦「埔榮暨家醫群健康促進園遊會」；97年績效包括：手術室、洗腎中心、藥劑科、呼吸照護病房、自費護理之家等五單位通過法國標準協會ISO9001:2000年版國際品質認證；舉辦第一屆績效共識營及建院五十週年慶祝活動。何院長崇尚老莊哲學，著重人性管理，無論在服務、醫療品質及營運管理的提升上，帶領全院團隊獲得傲人的成就。
 2008年7月呂炳榮院長就任第八屆院長，國立陽明大學醫務管理研究所碩士及臨床醫學研究所醫學博士，曾任蘇澳榮民醫院兼員山榮民醫院院長。任內積極推動「真誠感動服務」，營造以「故事取代廣告、感動取代行銷」的文化，使埔里榮民醫院成為一個更有生命力的個體。除貫徹政府賦予妥善照顧榮民的醫療責任，落實「榮民在那裏，服務到那裏」的政策外，更努力深耕社區，提供大埔里地區榮民（眷）及地方鄉親優質的醫療服務。本院環境幽美，適合發展高齡醫學及長期照護; 持續強化醫護與行政團隊的照護能力，配合節能減碳政策，加強院區環境綠化，打造一個優質環保與醫療兼顧的醫院。 為因應健保總額與DRG制度、公務預算遞減及自負盈虧等壓力，期許同仁能同心協力，在歷任院長的良好基礎下，努力朝『成為社區優質的醫療院所、永續經營』之願景，落實「造福榮民、服務社區」的使命，在醫療品質與經營管理上勠力改進。
97年起除積極準備參加第三屆政府服務品質獎外，更透過感動服務，創新各項作為包括:體適能檢測、節能減碳、E化醫院，並導入平衡計分卡、BIKM知識管理系統(結合ISO文件、指標、醫院評鑑等)、行政管理系統、護理資訊系統、e化行動護理工作車、門診候診呼叫器、中藥調劑條碼化檢核系統、急門住藥物辨識條碼化、轉診資訊平台、病理資訊傳導（檢驗報告）、設置「藥品資訊查詢機」。
98年績效包括：通過新制醫院評鑑、自費護理之家評鑑、慢性腎臟病健康促進醫院認證、「食品安全管制系統(HACCP)」認證、衛生署委託台灣腎臟醫學會認證「血液透析評量醫院」。完成節能熱泵系統、指示燈全面汰換為省電LED產品。
99年績效包括：全院一致通過ISO9001：2008國際品質認證、實驗室ISO 15189國際品質認證、台灣健康促進醫院國際認證；院本部門診及市區門診公廁新增奈米科技環保小便斗；發展急重症醫療(整修急診軟硬體設備及其動線、增加急重症醫師、承接衛生署清境假日急診醫療站計畫)、發展高齡醫學及中期之整合照護，包括中期照護(設置30床)、長期照護(96年50床，98年擴至98床，並連續3年榮獲南投縣衛生局十年長照計畫)。榮獲行政院衛生署國民健康局「醫院癌症醫療品質提昇補助計畫」整體四癌篩檢效率王第九名。與暨南大學簽訂研究合作計畫。100年榮獲第三屆政府服務品質獎、ISO:27001資訊安全管理制度國際品質認證與病歷電子化等計畫。 「魔鬼藏在細節裏」為呂院長經營的座右銘，因此管理著重細節，任內積極建立制度，打破人治色彩。於創新作為與感動服務上，貢獻卓越，醫療品質大幅提升，獲得社區鄉親及榮民的肯定。
配合退輔會垂直整合政策，埔里榮民醫院是第二波整合的醫院，民國101年1月1日正式成為台中榮民總醫院埔里分院，對大埔里地區的醫療品質將大幅提昇。
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